微生态工程技术研究中心原隶属于医药研究所，为适应科学研究的不断深入和人员培养的积极发展，2007年成为科研处下的独立研究部门.

微生态工程技术研究中心主任刘吉成，研究中心下设基础研究室、菌种室和中试基地三个科研部门，主要从事微生态制品的基础和应用研究，承担多项国家、省、市级科研课题。

微生态工程技术研究中心现有全自动发酵罐、冻干机，生物Ⅱ级安全柜，超速离心机、细胞粉碎仪、全自动牛乳成分分析仪、均质机等大型精密仪器。近年来，在国家级杂志发表论文20余篇，获得多项奖励。2002年《青春双歧菌多元蛋白的保健功能及发酵工艺的研究》获得齐齐哈尔市科学进步一等奖和黑龙江省科学进步三等奖；2006年《双歧杆菌及其胞壁成分的蛋白类保健品研究》获得黑龙江省科技进步二等奖、黑龙江省教育厅科技一等奖和齐齐哈尔市科学进步二等奖；2005年5月13日《一种青春双歧菌双元蛋白乳豆酸奶及其制备方法》获国家发明专利。由于研究中心在应用领域取得的成绩，2007年被批准为黑龙江省校企共建工程技术研发中心。